تمامی فرهنگستان ها یک هیأت امنا دارند که ترکیب آن به این شرح است:

- معاون اول رئیس جمهور به عنوان رئیس هیأت امنای فزهنگستان ها

- وزرای علوم، تحقیقات و فناوری؛ بهداشت، درمان و آموزش پزشکی؛ فرهنگ و ارشاد اسلامی

- رؤسای فرهنگستان ها

- دو نفر از دانشمندان و صاحبنظران به پیشنهاد رئیس هر فرهنگستان

وظایف و اختیارات هیأت امنا

- تصویب آیین نامه داخلی

- تصویب نمودار سازمانی فرهنگستان ها

- بررسی و تصویب بودجه پیشنهادی فرهنگستان ها

- تصویب بودجه تفصیلی فرهنگستان ها

- تصویب حساب ها و ترازنامه سالانه فرهنگستان ها

- تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن

- تعیین حسابرس و خزانه دار برای فرهنگستان ها

- کوشش برای جلب کمک های بخش خصوصی و عوائد محلی اعم از نقدی، تجهیزاتی و ساختمانی

- تصویب آیین نامه های مالی و معاملاتی

- پیشنهاد میزان فوق العاده های اعضای هیأت علمی و غیر هیأت علمی (کارشناسان و تکنسین ها)

- تعیین نحوه اداره واحد های تولیدی، خدماتی، کارگاهی و بهداشت درمانی

- تعیین میزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس، حق الترجمه، حق التألیف و نظایر آن

- بررسی گزارش فرهنگستان ها

- تصویب مقررات استخدامی اعضای هیأت علمی فرهنگستان ها