دبير فرهنگستان به انتخاب و حكم رئيس فرهنگستان منصوب مي شود.
اداره كليه امور اداری و مالي، تأمين كاركنان مورد نياز فرهنگستان و انجام ساير امور اجرایی و محوله از طرف مجمع عمومی، رئیس فرهنگستان و شورای علمی به عهده دبیر فرهنگستان است.
در تاریخ 18 شهریور 1402، طی حکمی از سوی آقای دکتر محمدرضا مخبردزفولی رئیس فرهنگستان علوم، آقای دکتر محمدرضا شمس اردکانی به سمت "دبیر فرهنگستان علوم" منصوب شد.
