شورای پژوهشی متشکل از معاون پژوهشی، دبیر فرهنگستان و نمایندگان گروه های علمی فرهنگستان است. جلسات این شورا دو هفته یک بار تشکیل می شود. ریاست شورا با معاون پژوهشی است.

 اعضای شورا (به ترتیب حروف الفبا)

- دکتر غلامرضا اعوانی (نماینده گروه علوم اسلامی)

- دکتر ناصر باقری مقدم (دبیر شورای آینده نگاری)

- دکتر مگردیچ تومانیان (نماینده گروه علوم پایه)

- دکتر محمد شاهدی باغ خندان (رئیس مرکز مطالعات علم و فناوری)

- دکتر محمدرضا شمس اردکانی (دبیر فرهنگستان)

- دکتر حسن ظهور (نماینده گروه علوم مهندسی)

- دکتر سیدمهدی قمصری (نماینده گروه علوم دامپزشکی)

- دکتر منصور کبگانیان (معاون پژوهشی)

- دکتر فرشاد مؤمنی (نماینده گروه علوم انسانی)

وظايف شورای پژوهشی

- مطالعه سیاست های کلان پژوهشی کشور و فرهنگستان، تدوین سیاست های پژوهشی فرهنگستان با توجه به اهداف و وظایف فرهنگستان و در راستای چشم انداز و اعلام آن به رئيس فرهنگستان 

- بررسی و تعیین راه های ارتباط پژوهشی فرهنگستان با مسئولان پژوهشی سازمان ها و مؤسسات پژوهشی داخل و خارج کشور

- بررسی فعالیت های پژوهشی گروه های علمی فرهنگستان و ارائه پیشنهادهای لازم جهت ارتقای وضع پژوهشی آنها

- تدوین آیین نامه های داخلی مرتبط با طرح ها و فعالیت های پژوهشی و نظایر آنها و ارائه به رئیس فرهنگستان

- بررسی مسائل و مشکلات پژوهشی فرهنگستان

- تهیه برنامه های کوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت فعاليت های پژوهشی فرهنگستان و اعلام آن به رئیس فرهنگستان

- بررسی موضوعات مرتبط با امور پژوهشی فرهنگستان ارائه شده از سوی گروه های علمی و اعلام نظر به رئیس فرهنگستان

- بررسی و اعلام نظر در خصوص پیشنهاد طرح های پژوهشی جدید و اعلام به شورای علمی جهت تصویب نهایی آن

- تعیین داور یا ناظر برای ارزیابی گزارش های مرحله ای و نهایی طرح های پژوهشی

- اظهار نظر در مورد نتایج حاصل از طرح های پژوهشی و اعلام به شورای علمی جهت تصویب نهایی و تسویه حساب با مدیر طرح

- مطالعه و بررسی آیین نامه ها و دستور العمل ها و برنامه های علمی و پژوهشی و ارائه پیشنهادهای لازم

- مطالعه و بررسی امور ارائه شده از سوی معاون پژوهشی و ارائه پیشنهادهای لازم

- مطالعه و بررسی و اعلام نظر در رابطه با امور محوله از سوی رئیس فرهنگستان و شورای علمی