فرهنگستان دوازده گروه علمی به شرح ذیل دارد:
- گروه علوم اسلامی
- گروه علوم انسانی
- گروه علوم پایه
- گروه علوم دامپزشکی
- گروه علوم کشاورزی
- گروه علوم مهندسی
- گروه زیست پزشکی
- گروه کوانتوم و هوش مصنوعی
- گروه گیاهان دارویی
- گروه مرجعیت علمی
- گروه مطالعات جهان
- گروه مهندسی پزشکی
هر گروه علمی، متشکل از یک شورای گروه و تعدادی شاخه است. رئیس گروه علمي با حکم رئيس فرهنگستان منصوب مي شود. شورای گروه متشکل از اعضای پیوسته گروه است. وظیفه شورای گروه، تنظیم و ارائه برنامه های علمی گروه است. ریاست شورای گروه بر عهده رئیس گروه علمی است.
شورای شاخه متشکل از اعضای پیوسته و وابسته و همکاران مدعو آن شاخه است. رؤسای شاخه ها به پیشنهاد رئیس گروه و با حکم رئیس فرهنگستان منصوب می شوند. ریاست شورای شاخه با رئیس شاخه است.
گروه های علمی همچنین جلسات شورای همگانی گروه با حضور کلیه اعضای پیوسته و وابسته و همکاران مدعو گروه برگزار می کنند. ریاست شورای همگانی گروه با رئیس گروه است.
