در یکصد و سي‌ و پنجمین جلسه شورای عالی انقلاب فرهنگی مورخ 15 دی ماه 1366، به استناد بند چهار قانون اهداف و وظایف آن شورا، تأسیس فرهنگستان علوم جمهوری اسلامی ایران به تصویب رسید. در ابتدا 15 نفر از ممتازترین دانشمندان رشته های مختلف کشور به عنوان عضو پیوسته فرهنگستان علوم انتخاب شدند. فرهنگستان فعالیت خود را در سال 1369 رسماً آغاز کرد. آقای دکتر علی شریعتمداری اولین رئیس فرهنگستان بود که تا سال 1377 ریاست فرهنگستان را به عهده داشت. پس از پایان مدیریت آقای دکتر شریعتمداری در سال 1377، مجمع عمومی فرهنگستان آقای دکتر رضا داوری اردکانی را به عنوان رئیس فرهنگستان انتخاب و به رئیس جمهوری پیشنهاد کرد و رئیس جمهور ایشان را به سمت رئیس فرهنگستان علوم منصوب نمود. در سال 1402 پس از استعفای دکتر رضا داوری اردکانی با پیشنهاد رئیس جمهور و تأیید اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی، آقای دکتر محمدرضا مخبردزفولی با حکم ایشان به سمت رئیس فرهنگستان منصوب شد. فرهنگستان مؤسسه‌ای است با شخصيت حقوقی مستقل كه به نهاد رياست جمهوری وابسته است.